Das SLE wurde 1962 als „Seminar für Landwirtschaftliche Entwicklung" gegründet. Mit seinem Schwerpunkt auf tropische und subtropische Landwirtschaft gehörte es zum Fachbereich „Internationale Agrarentwicklung" der Technischen Universität Berlin. Im Zuge der Neuorganisation der drei Berliner Universitäten nach der Wiedervereinigung wurde das SLE im Oktober 1992 der Landwirtschaftlich-Gärtnerischen Fakultät der Humboldt-Universität zu Berlin angegliedert und 1994 in „Seminar für Ländliche Entwicklung" umgetauft. Diese Umbenennung sollte den breiteren Ansatz des SLE verdeutlichen. Mit der Fakultätsreform 2014 wurde das SLE unter das Dach der Lebenswissenschaftlichen Fakultät am Albrecht Daniel Thaer-Institut für Agrar- und Gartenbauwissenschaften gestellt, unter dem es bis heute arbeitet.